熒光顯微鏡大多是采用200W的超高壓汞燈，作為光源，是用石英玻璃制作的，中間是球形，有一定數量的汞充在中間。

工作的時候，兩個電極間進行放電，使得水銀蒸發，球內的氣壓在瞬間升高，直到水銀完全蒸發的時候，里面的氣壓可以達到50到70個標準大氣壓，這個過程需要5到15分鐘。兩個電極之間的放電使水銀分子不斷解離和還原，此過程發射光量子，引起超高壓汞燈發光。此過程發射很強的紫外和藍紫光，可以激發各類熒光物質，此類技術被熒光顯微鏡普遍使用。

新型的超高壓汞燈在使用的初期不需要高電壓就可以引燃，一段時間后，則需要高壓啟動，啟動之后，維持工作電壓一般是50到60V，工作電流大約是4A。200w的超高壓汞燈的平均壽命是每次使用兩小時的情況下大約能用200小時。注意，每次開動的時間越短，壽命則越短。超高壓汞燈光源的電路包括變壓，鎮流，啟動等幾個部分。

由于超高壓汞燈的壓力很高，紫外線也比較強，所以燈泡B須放在燈室里面才能點燃，這樣可以避免傷害眼睛和發生爆炸。超高壓汞燈為熒光顯微鏡提供了必不可少的光源，是熒光顯微鏡的重要組成部分。隨著科技的進步，熒光顯微鏡也在進行著不斷的發展，但是超高壓汞燈還是被普遍采用于光源的形成。

目前國產的超高壓汞燈在熒光顯微鏡中的應用也越來越普遍，相比較國外，各方面的競爭優勢也越來越大。